Major i.G. Sebastian Hagen trat 2003 in die Bundeswehr ein und wurde 2006 Offizier der Jägertruppe. Er diente von 2010 bis 2012 als Zugführer und von 2012 bis 2015 als Kompaniechef im Jägerbataillon 292 in Donaueschingen. In dieser Zeit absolvierte er Auslandseinsätze in Afghanistan und Mali.

2015 besuchte er den Stabsoffizierlehrgang an der Führungsakademie der Bundeswehr in Hamburg und wurde im Anschluss mit einer Verwendung am Übungszentrum Infanterie in Hammelburg betraut. 2016 wurde er für die Teilnahme am Generalstabs-/Admiralstabslehrgang national an der Führungsakademie ausgewählt.

Seit 2018 ist er Dezernent im Stab des Deutschen Militärischen Vertreters bei der NATO und der Europäischen Union in Brüssel. Seine Aufgaben dort umfassen im Besonderen die Vertretung deutscher strategischer Interessen bezüglich der militärischen Operationen und Missionen der Europäischen Union.

Sein Studium an der Helmut-Schmidt-Universität/Universität der Bundeswehr in Hamburg schloss er 2006 mit einem Diplom in Pädagogik ab. 2016 erlangte er einen Master-Abschluss im Studienfach „Militärische Führung und Internationale Sicherheit“ an selbiger Universität. Seine Abschlussarbeiten befassten sich mit der Erziehung und Sozialisation im preußischen Kadettenkorps in der Zeit des deutschen Kaiserreichs sowie der Anwendbarkeit der Theorien Carl von Clausewitz in aktuellen Konflikten und Krisen.

Er ist seit 2016 Mitglied des CNSS und seit 2019 dessen zweiter stellvertretender Vorsitzender.